另一方面，人数有步兵12营，炮兵2营，海军1营的驻澎湖清兵，因为装备老旧与甲午战争失利带来的士气低迷，并没有多少抵抗。期间驻澎湖厅最高主管，台南府粮捕海防通判陈步梯于战役发起不久后，也逃往中国大陆。因此，1895年3月24日，日军就以不到两天的时间占领澎湖首府，马公市。澎湖一役，日军死伤虽少，这段时间，日军水土不服，罹患霍乱的士兵，总数约一千七百名，死亡则达一千名。

1895年3月26日，已经拿到台湾海峡战略位置，确定可轻易拿取台湾的日本，在日本下关接受清朝的和议要求。

1895年4月17日，百般努力谋和，却仍奉命以辽东半岛与台湾岛换取和平的李鸿章，签下了割让台湾的马关条约。早在此之前，得知澎湖被占领消息的台湾士绅已人心惶惶，在得知被“勒占领土”消息之后，部分清朝台湾官员与一些台湾士绅共同合作，于1895年5月23日宣布成立“台湾民主国”，年号“永清”。原清国派驻台湾的巡抚唐景崧被推为台湾民主国的总统、刘永福被推为大将军、丘逢甲则为义勇军统领。

1895年5月10日，萨摩藩所属海军中将桦山资纪被擢升为大将，并受命为台湾首任总督，负责台湾交接军政大权。同年5月24日，桦山自广岛宇品港启程，准备前往台湾与清朝处理“交接台湾”事宜。从伊藤博文亲拟的《该岛接收事宜》训令信件显示，日本的原本接收台湾态度为：令清朝兵员尽速离台并于撤离之前全数缴械，并要求清朝官员和平移交公务文件。不过于启程前的5月21日，桦山得知台湾部分官民积极备战后，心知和平接收台湾已不可能，于是随即派常备舰队赴冲绳监视台湾敌情。另一方面，他更指派驻于旅顺大连，本预计攻击北京的近卫军团转进台湾。

近卫师团是日本天皇亲卫军，团长是北白川宫能久亲王。近卫军团其中的7000余名兵力在1895年5月27日与桦山总督于冲绳会合后，5月29日遵照桦山“登澳底，攻基隆，占台北城”指示，登陆澳底，并在遭到小幅度抵抗中，于6月3日下午攻取基隆制高点狮球岭炮台，6月11日因鹿港商人辜显荣之助进驻台北。另外，6月初起，近卫兵团则将没参加任何战斗，自行聚集于淡水的数千名原清国兵士，分数梯次遣返回中国大陆。

约在1895年6月2日，中国全权代表李经芳与台湾总督桦山在日舰横滨号完成台湾交接。不久，基隆被日军攻陷的台湾民主国，内部发生纷乱。华兵广勇多不能战，而该国总统唐景嵩与统领丘逢甲分别乔装与卷款逃离台湾前往厦门（部分文献称丘氏挟带军饷10万两），至此，乙未战争胜败之势渐趋明朗。

1895年5月29日至1895年6月18日止，此战争的两方正规军交战告一段落。此阶段，清兵及台湾民主国辖下兵勇，共约3000名余名正规军参与战役，战死者不下200人。日军因为装备新颖，实际伤亡并不多，其中，实际参加战役的4000余名近卫军团中，死亡大约只有7名，受伤者25名。不过这段时间，日军水土不服，因为霍乱疟疾死亡者，远比这阵亡的这数字多很多。

1895年6月14日台湾总督桦山资纪自基隆乘火车入台北大稻埕（但事实上铁路因战乱已近不堪使用，行驶数里后即遣夫后推）。6月17日，桦山总督于设于清国原“布政使衙门”的总督府举行台湾“始政式”。

始政式后，1895年6月19日近卫师团派出拥有数千名的“混成支队”下攻桃园、新竹，本以为会如之前战况顺利，但是在6月22日前锋部队占领新竹城前后，却意外遭到此区域台籍客家人的游击式的“壮烈反抗”。（《瀛海偕亡记》。）

1895年6月24日至6月26日，以胡嘉猷、吴汤兴、姜绍祖、徐骧为首的客籍义勇军首先在平镇、湖口、龙潭间伏击日军，获得某些进展。随后于7月9日，并在新竹城制高点十八尖山与近卫师团展开激战。因为兵力装备悬殊及军士素质参差不齐，在姜绍祖战死后，吴汤兴领导的客籍义勇军于7月23日退居苗栗。

1895年8月8日，从日本获得增援兵力的近卫师团，由北白川宫能久亲自领军，直指北台湾与中台湾的孔道城镇—苗栗。在猛烈炮击苗栗尖笔山，歼灭200名台湾民主国兵士后，随即该师团于8月14日进占苗栗。自此台湾民主国，以客家人为主的北台湾反抗，终告结束。

这阶段，台湾民主国除了台籍客家人主要游击力量之外，亦有以苏力、苏俊、陈小埤为主的三角涌义勇军。他们在台北附近对日军的后勤与军夫部队展开一连串袭击。1895年，7月12日近卫师团特务曹长樱井茂夫率领运粮船队在三角涌隆恩埔附近，遭到三角涌义勇军的攻击，全军覆没。也因这些反抗，让本来以“军事目标”为主的总督府与其日军在“良、匪难辨”情况下，不得不于7月下旬开始在桃园，中坜，甚至大汉溪流域，实施所谓“无差别扫荡”的焚村与杀害平民事件。（野口胜一，《风俗画报之台湾征讨图绘》，1895，东阳堂）

1895年8月23日日军的近卫师团进占台中南部的大肚市街。另一方面，吴汤兴、徐骧、黎景嵩会合吴彭年、严云龙率领的“黑旗军”共数千名兵士除据彰化城。此外，台湾民主国方面，另有400名兵士利用彰化八卦山炮台，首度使用重武器的大炮炮击进驻于大肚溪对岸的近卫师团。

1895年8月27日，日军开始零星炮击八卦山。于29日半夜发动进攻，历经八小时，29日上午八时日军宣告胜利。这是乙未战争最大的正面会战，此称八卦山之役。此战役台湾民主国统领吴汤兴、将领徐骧、吴彭年、严云龙皆力战阵亡。

首因瘴疠造成日本近卫师团的严重死伤，又因加上台湾民主国新任总统刘永福坐镇台南凤山间的威胁，日军再增派援军第二师团及混成第四旅团分别于台湾最南端阿猴枋寮与嘉义布袋嘴登陆。经过稍作歇息，上列两支援军加上近卫师团，1895年10月3日，日军开始分别于三方向进占台湾南部各城。其中近卫师团在浊水溪遭到简义率领的民兵攻击，混成第四旅团在布袋、盐水遭到义勇军的袭击，另外，第二师团于进攻南部据点打狗、凤山时，也在茄苳脚及该两城巷战中，遇到小部份抗拒且造成百名兵士伤亡。另外在此阶段，北白川宫能久亲王与山根信成少将也接连因为热病相继弃世。

乙未战争诸多战事中，除八卦山之役之外，以台湾南部六堆地区的客家义勇军抗日活动最具规模，在台湾南部六堆客家义勇军总共与日本军队发生2次大规模战役，一为步月楼战役、另一为火烧庄战役。

公元1895年10月11日，由日本乃木希典大将率领的台湾远征军第二师团约7930人，从枋寮登陆往东港行进，沿途虽有台湾民主国所属正统军零星抵抗，直至行经茄苳脚（现今屏东县佳冬乡）遇到由左堆总理萧光明带领的六堆客家义勇军之左堆军才真正受到剧烈战斗，此冲突也是该军团首遇激烈战役，此役即为步月楼战役，此役为台湾南部六堆客家义勇军与日军发生之首次大规模战役。于茄苳脚巷战中，六堆客家义勇军左堆军因不敌日军的武力优势，最后以茄苳脚的萧家古厝步月楼为最后防线奋勇抗日，但因六堆客家义勇军之左堆军等不到六堆客家义勇军其他各堆客家军支援之前，即不敌日军强势武力，孤军奋战直至翌日（10月12日）丑时，日军攻陷茄苳脚，步月楼战役终告结束。

在于步月楼战役结束之后，日军第二师团为免六堆客家军其他各堆军的侵扰而耽误日军包抄台南城（现今台湾台南市）之日程计划，故留下少数兵力牵制六堆客家军其他各堆军，其余大部份主力军力继续按照原定攻击行进路线（枋寮--＞；东港--＞；凤山城--＞台南城）挺进包抄台南城，并于1895年10月12日占领东港、10月16日攻陷凤山城（现今高雄市左营旧城）之后，继而如日军原定计划继续北上包抄台南城。

1895年10月18日，日本近卫师团、第二师团与混成第四旅团皆抵达台南城近郊，形成三方包抄形势，台湾民主国第二任总统刘永福在得知台南城被三面夹攻，已知大势已去，当日军准备以两师团之兵力围攻台南城之际，1895年10月20日，刘永福化妆为老妪，连同20名随从由位于台南城总统行馆（位于现今台湾台南市内的大天后宫）赶至台南安平港，并先藏匿在中国籍戎克船船舱内，隔日（10月21日）随即改乘转搭英国籍商船「塞里斯轮（Thales）弃职逃亡到厦门。在刘永福弃职逃亡后，台南当地士绅便循台北模式推举英国牧师巴克礼请求日本军队和平进城协助维持秩序。10月21日日军第二师团山口素臣少将首先领军进入台南城，在兵不血刃的情况下顺利进入台南城，此情此景犹如当初进入台北城的翻版，至此台湾民主国亡。

在于日军进占台南城，台湾民主国亡后，1895年10月26日，日本军司令部下令第二师团接替近卫师团担任大肚溪以南的守备任务，由第二师团负责台南、凤山、恒春守备队，混成第四旅团负责彰化守备队，在于改由第二师团接手担任攻击守备的主力部队的2天后，10月28日日本政府宣布日军近卫师团司令官北白川宫能久亲王因疟疾病死于台湾台南的消息（对于此日本官方对于能久亲王病死的说法，台湾父老陈述却都否认日本政府的此项说法）。11月13日日本近卫师团从台湾南部打狗港（现今高雄港）离台返日。

1895年11月9日，第二师团与近卫师团完成守备任务交接后，因台湾南部六堆地区仍常有较大抗日活动，第二师团即命令第三旅团凤山守备队消弭台湾南部之六堆抗日势力，日本第二师团第三旅团凤山守备队于11月26日（农历10月10日）在火烧庄 （现今屏东县长治乡长兴村）遭遇到更大规模抵抗，六堆客家义勇军与日本第二师团终于爆发台湾南部第二次大规模战役，即长兴会战，也是乙未战争中客家人抗日的最后一场战役。此战役由六堆大总理邱凤扬亲率六堆客家义勇军3000余人于火烧庄奋勇血战日军1万大军至翌日午时（11月27日），六堆客家义勇军因不敌日军火烧攻势及强大武力而战败，此役全庄被日军火烧殆尽死伤惨重，此役又称火烧庄战役，也因乙未战争的最后一场战役火烧庄战役战败，台湾人民抗日的乙未战争也随之终告落幕。

有关乙未战争记载，因为台湾民主国的资料匮乏，史料通常来自日中两国的相关文献。在此文献，两者资料常有所出入或欠缺客观性。不过总体来说，这场台湾史上最大的战役，其规模与影响是难以忽略的。不算1895年3月底登陆澎湖的混成支队，光是进攻台湾本岛，从登陆澳底开始到同年10月完全占领台南城止，日本军就共出动了近卫师团与第二师团两大师团合计3万7千余人，马匹7千头，其中还不包括军夫与后勤预备部队。另一方面，台湾民主国正规军也前后出动约3万3千人，民间乡勇与反抗军数量，则无所从估算。战争结果，日军不含军夫战死160名，病死达4600人，其中还包含领军的一亲王及一少将。而台湾方面，在这场战争中不但折损不少将领，包含被日军“无差别扫荡”波及的平民，伤亡的民与兵更是难以估算。经草估，约至少有在14000人以上。

由于无法台湾人民群众激烈抵抗，日本对台湾实施高压的军政。这现象迟至大正年间才有所改善。另一方面，台湾自主与反日势力并没有因为战争落败后，完全平息。以“保家”重于“卫国”的台湾民间反抗，不但出现在1895年的反扑台北城动乱，更在后续的二十年间的日人统治下，陆续出现。

1894年7月：因朝鲜问题引起的中日甲午战争爆发。

1895年2月：清北洋舰队全灭，台湾海防失去屏障。

1895年3月13日：日下令攻占澎湖。

1895年3月24日：比志岛支队两天内登陆并占领澎湖。

1895年5月25日：台湾民主国正式授印于民主国总统唐景崧，台湾民主国正式成立，号永清。

1895年5月29日：日军定锚三貂角，近卫师团登陆澳底。

1895年5月30日：唐景崧下令民主国部队（包含部分广勇）扼守瑞芳龙潭堵及基隆狮球岭炮台。

1895年6月3日：狮球岭炮台与基隆相继陷落，民主国正规军瓦解，战死者在200人以上。

1895年6月4日：唐景崧与丘逢甲弃职前往淡水，6日渡海内渡中国大陆。带有台湾民主国的军饷银数十万两（台湾通史）。

1895年6月11日：因辜显荣等人帮助，日攻陷台北。

1895年6月-7月：台湾民主国吴汤兴与三角涌义民营，相继突袭日军。

1895年6月22日：日军攻陷新竹。

1895年6月26日：刘永福继任台湾民主国总统。将台湾民主国中部以北防务委由台湾知府黎景嵩指挥，派遣统领杨戴云、提督李惟义、督办吴澎年扼守苗栗尖笔山与彰化八卦山。

1895年7月9日：台湾民主国义军于新竹城败，将领姜绍组自杀。

1895年7月29日：为歼灭民主国军队，日本实行“无差别扫荡”

1895年8月8日：日军进攻苗栗。

1895年8月14日：日军攻占苗栗。

1895年8月28日：彰化八卦山之役。民主国将领吴汤兴及吴澎年死亡，台湾知府黎景嵩募集之新楚军全亡。民间或谣言日军将领北白川宫能久战死于此役，但未经考证。

1895年8月29日日军攻陷彰化，日军第二师团五分之四兵力染热病。

1895年9月1日：云林知县罗汝泽招募云林兵勇。哨官简义驻防斗六斗南。

1895年9月1日：日军占领云林，罗汝泽败退到中国大陆，简义持续与日军游击。

1895年9月7日：日军以“不宜孤军深入”为由，退守彰化。

1895年10月7日：日军重新攻占云林斗六。简义败退到云嘉山区，自立“铁国山”。

1895年10月10日：日军第四旅团数千援兵于台湾南部的嘉义布袋港登陆抵台。

1895年10月11日：日本援军第二师团一万余兵士登陆台湾南部的枋寮，将领为乃木希典。

1895年10月11日：佳冬巷战，晚，日军占据佳冬。

1895年10月12日：民主国驻东港管带吴光忠未战逃。

1895年10月12日：东石，布袋，日第四旅团与黑旗军巷战。

1895年10月15日：再度于云嘉一带实施无差别扫荡。日军占领嘉义。

1895年10月16日：日军第二师团占领凤山。

1895年10月18日：日军三方包抄台湾民主国唯一据点台南市。

1895年10月19日：台湾民主国总统刘永福内渡中国大陆。

1895年10月21日：日军攻陷台南，台湾民主国亡。

洪弃生《瀛海偕亡记》

吴德功《让台记》，1920年

《日清役台湾史》

《攻台图录》

《攻台战纪》

《攻台见闻》