顺治初年，佟六十，三遇恩诏，晋三等伯，授副都统。顺治十七年（1660），佟国瑶袭伯爵。

康熙九年（1670），授正蓝旗汉军副都统。

康熙十二年（1673），吴三桂反，康熙帝特命佟国瑶为郧阳提督，帅师镇抚。

康熙十三年（1674），襄阳总兵杨来嘉以谷城叛，附吴三桂，郧阳副将洪福应杨来嘉，劫部兵千馀攻佟国瑶。佟国瑶率游击杜英、佟大年以健丁三百拒战，洪福退，复至，鏖战数日，斩二百馀级，洪福败遁。事闻，加左都督。

康熙十四年（1675），洪福挟诸叛将分五道来犯，复击败之，逐战泥河口、板桥河，斩其将林跃等七人、兵数百人。

康熙十五年（1676），四川叛将谭弘与洪福等复分道来犯，谭弘屯郧江北，洪福掠郧江南，相声援。佟国瑶分兵御之，战坪沟、战黄畈、战九里冈，又渡郧江战江南岸，皆胜，焚其舟及械，斩获无算。洪福复遣众伏郧江两岸，以三十馀舟顺江下，泊琵琶滩，逼郧阳运道为寨。佟国瑶及将军噶尔汉、抚治杨茂勋等率水陆兵大破之，战陡岭，洪福败走，运道复通。叙功，加一等子。