基于牛顿力学原理模拟原子和分子的物理运动轨迹和状态的方法。对于较为复杂的生物分子体系，通常通过对相互作用粒子的牛顿运动方程进行数值解析来确定体系内粒子的轨迹，而粒子间的作用力和势能采用分子力学力场来确定。