1945年9月行政院公布的《台湾省行政长官公署组织大纲》与1945年8月陈仪拟呈的《台湾省行政长官公署组织纲要》几乎没有差别，特别是在权力分配与机构设置方面，完全同意了陈仪的意见，仅仅在个别字句上作了修改，如将第一条“台湾省行政长官隶属于行政院，依据法令综理台湾省政务”，修改为“台湾省行政长官隶属于行政院，依据法令综理台湾全省政务”等。

台湾省行政长官公署制度是在吸收了台籍人士建议、结合实际情况的基础上，为顺利完成收复台湾任务而确立的过渡制度。陈仪主政后，较顺利地完成接收台湾的任务，在治理与建设台湾方面，也有不少成绩。1946年10月，台湾光复一周年时，蒋介石携宋美龄第一次访问台湾，巡视周，观感非常好，认为台湾是“一片干净士”，“应珍重建设，使之成为全国之模范省也”然而，在大陆陷入全面内战，国民党统治渐趋不稳的大背景下，陈仪主导的行政长官公署为维护国民党在台统治的稳定，施政弊端逐渐显现，引起台籍人士的不满。弊端集中于两个方面:一是在长官公署人员选拔中，陈仪任人唯亲，造成台籍人士和外省人士比例失衡;二是在经济上推行“统制政策”，与民争利，既不利于经济的发展，又埋下了引发社会矛盾冲突的种子。

1947年2月28日，台湾发生了震惊中外的“二二八事件”。

作为平息事态与善后的重要举措，国民政府将撤销台湾省行政长官公署的工作提到议事日程。此举有两个目的：一是可以部分平息民怨，二是可以将所有责任推到行政长官公署，有利于治理台湾体系的重建。

陈仪3月6日提出撤销行政长官公署后，3月8日，国防最高委员会第224次常会讨论台湾动乱事宜，会议认为“事态严重，推究事变近因，虽在逮捕私售香烟之小贩，但如台湾政治制度之特殊化，接收日本工厂之多数停工，政府对于经济之统制过严，对于台籍优秀人士之未能尽量登用，以及由内地赴台官吏与地方人士之隔阂过深，均为引起事变之远因，中央即应妥速处理，免使事态延长扩大”。会议确定了三条处理方案：政府速派大员前往宣慰，依据《省政府组织法》改组行政长官公署，并尽量容纳当地优秀人士。

关于台湾行政机构的改组，国民党台湾省党部主委李翼中3月10日提出八项建议，将国防最高委员会常会的处理方案具体化。

　3月17日，国民政府国防部部长白崇禧奉蒋介石之命赴台“宣慰”。他抵达台北后，立即发布正式公告，向民众昭告“中央处理这次事件的基本原则”。其中第一条即是“台湾地方政治制度之调整”，内容包括：（一）改台湾省行政长官公署制度为省政府制度，其组织与各省同，但得依实际需要，增设厅处或局等机构。（二）台省各县市长，提前民选，其办法及日期由省参政会拟具呈报内政部核准施行。在县市长未举行民选以前，由省政府委员会依法任用，并尽量选用本省人士。第二条是“台湾地方人事的调整”，内容包括：“台湾警备司令以不由省主席兼任为原则。”“省政府委员及各厅处局长，以优先选用本省人士为原则。”“政府或其他事业机关中之职员，凡同一职务或官阶者，无论本省或外省人员，其待遇应一律平等。”第三条是“经济政策”，内容包括：缩小公营工业范围；台湾行政公署所推行的经济制度，与国民政府现行法律相抵触者，“应予分别修正或废止”。第四条是“恢复地方秩序”。以上各要点，基本与李翼中的八条建议相同，重点是撤销行政长官公署，组建省政府。

3月25日，国防最高委员会向蒋介石转呈行政院秘书长蒋梦麟所拟《拟议处理台湾事件办法建议案》，其中省政府机构设置的内容，与陈仪所提基本相同，只在省政府委员人数及增设各厅上略有差异。4月14日，白崇禧向蒋介石呈交台湾政治改进意见，除上述各点外，并提出组织公务人员短期训练，提高行政效率，设立台湾监察使署以便澄清吏治等建议。这些建议得到蒋介石批复后，交相关部门照办，台湾省政府的行政组织细则基本确立。

5月16日，台湾省政府正式成立，行政长官公署于同日撤销。从此，台湾省的行政机构，与大陆各省一致。

行政长官公署是中央政府为情形特殊的地区设立的一种特别行政机构，相当于省级机构。在民国历史上，仅北京政府于1923年3月设立过东省特别区行政长官公署，专门管辖中东铁路沿线地区。之后，中国政府未再设置过行政长官公署这类行政机构。光复时期在台湾省设立行政长官公署有其历史的必要性，但是，它的设立及其在台实行的一系列不平等政策、行政长官公署官员的贪污腐败表现，以及它在战后恢复重建、改善民生方面的措施乏力，使得台湾民众相当失望、不满甚至仇视，这些情绪最终在“二·二八”事件中全面爆发出来。台湾省行政长官公署的失败，有当时全国普遍存在的政治腐败、经济凋敝等客观大环境的因素，也有台湾省行政长官公署自身所造成的因素。

对比《台湾省行政长官公署组织条例》与《省政府组织法》会发现，台湾省行政长官公署与各省政府在权限、组织机构设置方面多有不同。《台湾省行政长官公署组织条例》规定：“台湾省行政长官隶属于行政院，依据法令综理台湾全省政务。行政长官于其职权范围内，得发署令，并得制定台湾单行条例及规程。行政长官受中央委托办理中央行政，对于台湾之中央各机关有指挥监督之权。”而《省政府组织法》规定：“省政府奉行中央法令综理全省行政事务并监督地方自治。省政府于不抵触中央法令范围内得依法发布命令。”行政长官公署具有更大的自主权，可办理中央行政，且对在台中央机关有监督权。行政长官可以制定台湾单行条例及规程，依据法令综理台湾全省政务，而省主席仅享有“召集省政府委员会，于会议时为主席。执行省政府委员会议决案。监督所属机关职务之执行。处理省政府日常及紧急事项”四项职权。在组织机构设置方面，行政长官公署没有厅一级组织，设置秘书处、民政处、教育处、财政处、农林处、工矿处、交通处、警务处、会计处九处内设机构，必要时行政长官“得设置专管机关或委员会”。省政府则设民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、秘书处四厅一处，有特殊需要之省份得呈由行政院提经立法院之议决增设其他行政或事业机关。此外，行政长官陈仪兼任警备总司令一职，掌全省军政大权，其职权远胜于省主席。

国民党政府1945年3月公布的《台湾接管计划纲要》，则为台湾描绘了一幅美好的蓝图:“台湾接管后的一切设施，以实行国父遗教、秉承总裁训示、力谋台民福利、铲除敌人势力为目的”“接管后之经济措施，以根绝敌人对台民之经济榨取、维持原有生产能力、勿使停顿衰退为原则(其违法病民者除外)，但其所得利益，应用以提高台民生活”等。 然而，经过台湾行政长官公署一年多的治理，民众生活不但没有改善，反而倒退很多。“人们在说着，台湾退步了五十年，有的说退步了三十年，亦有说十年。我们不管它退步了几年，比以前总觉退步得令人可怕。”

但曾担任台湾省参议员的黄纯青先生认为，“台湾省公署施行政治有善者、有未尽善者。举其善者如法币不许在本省流通。如数十万人日俘、日侨，数十日间，迅速遣归顺利。如各级民意机关，于八十日间成立者是也。其他地方自治、交通、教育、工矿、农林施设日进一日，诚可善也”

总体而言，由于施政的失败，对台湾省行政长官公署的评价贬多于褒。这其中虽有台湾民众对战后重建的困难缺乏足够的认识，因而产生了对当局期望值过高的因素，但主要原因，应当归于台湾省行政长官公署本身。