1937年9月，回到长沙，先后成立了“湖南文化界抗敌后援会”和“中苏文化协会湖南分会”，开展各种形式的抗日活动。

1938年，任塘田战时讲学院副院长。

1939年9月，任职于中共南方局，对外职务是复旦大学教授。

1941年3月，经桂林、香港、上海转赴苏北新四军军部所在地江苏盐城；9月，在中共华中局党校授课。

1942年3月，赴延安参加筹备召开“七大”工作，并任刘少奇政治秘书；12月，任刘少奇学习秘书，另任中央马列主义研究院特别研究员。

1945年10月，任热西地委副书记，冀热辽救济分会副主任。

1948年，任安东省委常委；12月，任东北大学（现东北师范大学）副校长。

1949年10月，任大连大学校长、党委书记，旅大区党委委员、区党委大学部党委书记。

1950年11月，任东北人民政府文化教育委员会副主任。

1951年8月，任东北人民大学（现吉林大学）校长、党委书记。

1955年7月，离任东北人民大学校长职位；同年，当选为中国科学院学部委员。

1959年，任中共中央党校历史学兼任教授、历史教研室顾问。

1961年，先后到内蒙古访问，到河南殷都考察。

1962年11月，赴山东参加孔子学术讨论会。

1963年1月，被秘密拘禁“隔离反省”。

1967年1月，被正式逮捕，关入秦城监狱。

1975年1月，在邓小平批示下，被释放。

1978年11月，任中国社会科学院顾问。

1980年1月，中共中央为其平反。

1980年7月17日，在北京逝世，享年79岁。

吕振羽的研究领域非常宽泛，主要包括经济史、社会史、哲学史、思想文化史、民族史、史学史、革命史、农民战争史等。

1932年3月，吕振羽从分析中国社会的经济关系入手，论述了中国的社会性质，认为中国农村仍然是封建经济占优势地位，但已开始资本主义化，中国的民族资本受宗主国的支配。1933年，开始较明确地使用“半殖民地半封建社会”的概念。另投身到中国社会性质的论争。这一论战涉及中国几千年的历史，问题广泛而复杂。主要是：一、关于亚细亚生产方式问题；二、中国历史上有无奴隶制社会问题；三、秦汉以后中国社会性质问题。运用马克思主义的理论和方法，综合考察了大量的历史文献和出土器物，对中国原始社会、奴隶社会和封建社会初期进行了系统阐述。认为中国原始社会经历了母系时代和“男系（父系）”时代，殷商时期进入奴隶制社会，西周开始进入封建社会，并提出中国封建社会末期，已出现了“资本主义因素”，其中对中国原始社会的系统研究是开辟性的，而西周封建说则是中国史学界首次提出并加以论述。

吕振羽把握历史唯物主义的基本原理，将中国政治思想的发展理出了三条线索（统治阶级、没落阶级或阶层、被统治阶级的政治思想）和两大阵营（唯心主义和唯物主义）。

吕振羽对“亚细亚生产方式”、中国的奴隶社会问题、封建社会长期性原因、文化思想上继承与创新等问题进行了论述。他指出：鸦片战争前，中国已经出现了资本主义萌芽，“若不是为清朝统治者及欧美资本帝国主义的侵入所绞杀，中国社会已开始准备了转入资本主义的条件。”

截至1980年7月，吕振羽共著书10余部，约400万字，其主要著作有《中国历史讲稿》《史学研究论文集》《简明中国通史》《中国政治思想史》《中国外交问题》等。

吕振羽主管大连大学期间，在教学上，提倡“教学统一的民主教学方法”和“课堂外自学为主与小组研究相结合的学习方法”，并加强了思想政治工作，使教师不断树立为人民服务的思想。同时加强科研，提高学术水平。他还派人到上海、香港等地聘请了几十位专家、学者，到大连大学任教。

吕振羽主管东北人民大学期间，除把原有7个系合并调整为法律系、经济系两系外，又新建了数学系、化学系、中文系、历史系、俄文系。他从北京大学、清华大学、北京师大、大连工学院、东北工学院请来了一批专家学者来校任教。在教学上，吕振羽提出了“理论与实际一致”，培养“知、德、健、美齐备的人材”的方针。在管理上，采取分工合作的集体主义和责任制、逐级责任制和相互保证的联系责任制，使学校工作迅速实现了计划化、科学化。他强调教学与科研相结合，教师的科研工作取得了不少的成果。

吕振羽在民国大学和朝阳大学任教期间讲授“经济学”和“社会学”等课程；在中国大学开设中国哲学史课程“中国政治思想史”，另讲授“中国经济史”“农业经济”“计划经济”“社会科学概论”“中国社会发展史”“哲学史”等课程；在塘田战时讲学院讲授“中国近代史”“中国民族解放运动史”等课程；在中共华中局党校讲授“中国革命史”“中国社会史”“中国哲学史”等课程。

吕振羽编著的《简明中国通史》被中共中央宣传部定为干部读物和高等学校教材。

吕振羽在塘田战时讲学院任教期间指导培养了一批抗日人才。学员中有40多位共产党员，100多名中华民族解放先锋队员。

吕振羽出生于湖南武冈一个普通农民家庭。他的曾祖父吕纪是佃农，后加入太平天国起义军赖文光部，因战功显赫升为大旗官。吕德良凭着自己的聪明能干，渐渐置买田地、房产，成为自耕农。吕振羽小时，时常随祖父一起劳动、打柴、放牛。吕振羽的父亲读书未能成名，在村里开馆教儿童读书，过着半耕半读生活。少年时代的吕振羽，就跟随父亲就读。

1938年10月，吕振羽与江明结成革命伴侣，其女儿的名字是若兰。

“吕振羽的一生，是革命的一生，战斗的一生，为“五四”运动以来中国马克思主义新史学的建立和发展作出了重要贡献。”（吉林党史网评）

“吕振羽为抗日民族统一战线的建立作出了积极贡献。”（中国共产党新闻网评）

“吕振羽是闻名遐迩的马克思主义史学家，是中国马克思主义史学的奠基人，是中国马克思主义民族史研究的开创者。”（《新湘评论》评）

“吕振羽为中国马克思主义史学的建立和发展以及民族史研究作出了突出贡献。”（《吉林日报》评）

“吕振羽的一生，不仅是学术研究的一生，更是革命实践的一生。他胸怀祖国，放眼世界，运用马克思主义研究中国问题，是马克思主义中国化的重要传播者；积极投身中国革命和建设，舍家为国，为中国人民的革命和建设事业鞠躬尽瘁。”（《湖南日报》评）

1986年8月，秉承吕振羽的遗愿，其妻子江明将其生前购买的2.5万余册藏书和在北京的19间住宅全部捐赠给吉林大学。吉林大学在当年吕振羽任校长的办公室专辟为“吕振羽藏书纪念室”，并设立了“吕振羽奖学金”。

吕振羽故居座落于邵阳县城西南约35公里金称市镇溪田村。故居是一栋坐西朝东、青砖青瓦、砖木结构的三层楼房，且带有典型的湘西南民居特色：走廊栏杆为圆形车葫芦形，造型别致有味；门楣及窗额上有彩绘历史故事装饰。每层楼分为三弄，每弄进深2间，最上层两端砖墙外吊立木围栏。

吕振羽塑像伫立于吉林大学逸夫图书馆一楼大厅。