1988年11月23日，自编自导的剧情片《暴跳如雷》在法国上映，该片由玛丽娜·瓦尔蒂埃拉、罗伯特·克努森等人联袂出演，他凭借该片获得第19届土星奖-最佳导演奖提名。1990年4月27日，执导的惊悚片《魔鬼褓姆》在美国上映，该片由山德·贝克利、丽塔·戈麦斯等人联袂出演。

1991年，获得第17届土星奖乔治·帕尔纪念奖。1994年，与拉尔夫·巴克希等人联合执导电视连续剧《反叛之路》；2月18日，执导的剧情片《火爆教头》在美国上映，该片由尼克·诺特、玛丽·麦克唐纳等人联袂出演。

1995年9月，执导的动作片《玉焰》在意大利上映，该片由大卫·卡罗素、琳达·费奥伦蒂诺等人联袂出演。1997年8月17日，执导的犯罪片《十二怒汉》在美国上映，该片由考特尼·万斯、奥西·戴维斯等人联袂出演，凭借该片获得第50届美国电视艾美奖限定剧/电视电影类-迷你剧/电视电影最佳导演奖

1998年，参演纪录片《神的恐惧：〈驱魔人〉25年》；9月11日，与比利·克鲁德普、唐纳德·萨瑟兰等人联袂出演的传记片《永无止境》在美国上映，他在片中饰演电视导演。1999年，获得第25届土星奖主席奖。2000年3月31日，执导的惊悚片《交战规则》在美国上映，该片由汤米·李·琼斯、塞缪尔·杰克逊等人联袂出演；同年，与理查德·刘易斯等人联合执导电视剧《犯罪现场调查》。

2001年，参演纪录片《建立联系：不为人知的故事》；2月8日，拍摄的纪录片《威廉·弗莱德金访弗里茨·朗》在德国上映。2003年3月，执导的动作片《捕猎游戏》在比利时上映，该片由汤米·李·琼斯、本尼西奥·德尔·托罗等人联袂出演；6月3日，参演的纪录片《AFI百年百大英雄与坏蛋》在美国上映，该片由盖瑞·史密斯执导；同年，参演泰德·戴米、理查德·拉·格拉文斯联合执导的纪录片《影响下的十年》。

2005年，参演君士坦丁·纳斯尔执导的纪录片《黑暗中的影子：维尔鲁东传奇》；6月21日，参演盖瑞·史密斯执导的纪录片《好莱坞百年百部经典电影》在美国上映。2007年5月25日，执导的恐怖片《千疮百孔》在美国上映，该片由艾什莉·贾德、迈克尔·珊农等人联袂出演，该片获得第59届戛纳国际电影节导演双周单元-费比西奖。

2008年6月3日，参演的纪录片《教父背后的故事》在澳大利亚上映。2009年，获得第62届洛迦诺国际电影节终身成就奖。2012年7月27日，执导的犯罪片《杀手乔》在美国上映，该片由马修·麦康纳、埃米尔·赫斯基等人联袂出演，该片入围第68届戛纳国际电影节主竞赛单元并获得金鼠奖，他凭借该片获得第39届土星奖-最佳导演奖提名；9月14日，与理查·基尔、布丽特·马灵等人联袂出演的剧情片《套利交易》在美国上映，该片由尼古拉斯·杰雷基执导。

2013年，获得第70届威尼斯国际电影节终身成就奖。2014年7月，获得第49届卡罗维发利国际电影节世界电影突出成就奖；10月17日，参演的纪录片《魔术师：奥逊·威尔斯惊人的生活与工作》在美国上映。2018年4月20日，拍摄的纪录片《恶魔与阿摩斯神父》在美国上映。

2017年10月1日，《辛普森一家》第29季播出，在剧中担任Dr. Kenneth Humphries的配音。

当地时间2023年8月7日，威廉·弗莱德金去世，享年87岁。

威廉·弗莱德金的电影风格阳刚味十足，他是“新好莱坞”代表人物之一，与罗伯特·奥特曼、彼得·博格丹诺维奇等大师齐名，被称作“恐怖大师”。他的影片《驱魔人》已经成为一个时代的流行符号，而且影响了众多的恐怖片，革新了以后惊悚片的拍摄方式。（《天天快报》、1905电影网、搜狐网、腾讯网、新华网综合评）

威廉·弗莱德金是一个坚定的黑暗和颠覆性的美国电影人，他将自己的风格改编成纪录片、社会惊悚片、恐怖片和喜剧。他的许多电影都饱受争议，以至于引起了公众的强烈抗议和抗议，但他从不妥协，他的方法依赖于极端暴力和对问题人物的深入研究。（Screenrant评）