医院本部设置有急诊、内、外、妇产、儿、传染、中医（中西医结合）、五官、眼科、口腔、皮肤、麻醉、功能检查、放射、检验、病理和药 剂等20余个专业学科和科室，另设有水荫路、区委、老干局、看守所门诊部等多个分支机构。

临床医疗内科细分有呼吸、心脏、肾病、内分泌、消化、老年病、慢性病、肿瘤、康复等，外科有创伤、骨科、矫形、颅脑、胃肠、肝胆、泌 尿、腔镜等多个二级专业学科。建设有白云区骨科矫形治疗中心、神经外科、血液透析中心、心血管、呼吸、神经内科及中西医结合、干部病区等 多个市区级重点专业和特色专科。