体内果糖主要来源于食物中蔗糖等。果糖可由己糖激酶催化形成3-磷酸果糖，后者沿糖酵解途径代谢或逆向形成糖原。在肝脏，己糖激酶对果糖作用甚微，主要由果糖激酶作用生成1-磷酸果糖，再在醛缩酶B催化下裂解为甘油醛和磷酸二羟丙酮，后者进入糖酵解途径；甘油醛有三条代谢途径：①在甘油醛激酶催化下生成3-磷酸甘油醛；②在醛脱氢酶催化下生成甘油酸；③在醇麟麟酶或醛还原酶催化下生成甘油，甘油在甘油激酶催化下生成α-磷酸甘油进而转变为磷酸二羟丙酮。再经糖氧化途径进一步分解。由于果糖激酶活性高，所以果糖代谢比葡萄糖代谢快。