水系最远源流为马里山溪，发源于卑南主山西侧，先向西南后转南流，与源自大鬼湖的山花奴奴溪会合后，始称浊口溪。主流向西北转西南流经万山、茂林，于大津注入荖浓溪。

浊口溪流域有茂林风景区、多纳温泉等旅游景点。

浊口溪流经屏东县高树乡、三地门乡、高雄县六龟乡、茂林乡、桃源乡 ，它的支流：

木胜溪：高雄县茂林乡 美雅溪：高雄县茂林乡 温泉溪：高雄县茂林乡 吉田溪：高雄县茂林乡 山花奴奴溪：高雄县茂林乡 马里山溪：高雄县茂林乡、桃源乡