海峡交流基金会分设由43人组成的董事会和由6人组成的监事会；国民党中常委、台湾工商协进会会长辜振甫任董事长；该会内设秘书处，文化服务处、经贸服务处、旅行服务处、法律服务处、综合服务处等6个业务单位，主要功能是接受“陆委会”委托，办理两岸交流所衍生的各项事务。

海基会依章程规定董事会为基金会之决策机构，掌理基金筹募、保管及运用，秘书长任免，工作方针核定，业务计划及预算审议等事宜。董事会置董事长一人、副董事长一至三人。

董事会每三个月召开会议一次，由董事长召集并为主席。目前董事会为第六届，名誉董事长为孙运璇、董事长为中国国民党副主席林中森，副董事长为高孔廉、许胜发、张俊宏。高孔廉副董事长并兼任秘书长。副秘书长为张树棣、林淑闵。

海基会初成立时，定位是以“是一座桥，不是一堵墙”为己任，以“协调处理台湾地区与祖国大陆地区人民往来有关事务，不以盈利”为目的。

以“中国的、善意的、服务的；保障两地人民权益”为宗旨。

代理董事长：许胜雄

历任董事长

辜振甫（1990年11月21日-2005年1月3日）

张俊雄（2005年6月10日-2007年5月）

洪奇昌（2007年7月12日-2008年5月20日）

江丙坤（2008年5月26日-2012年9月26日）

林中森（2012年9月27日-2016年5月20日）

田弘茂（2016年9月1日-2018年3月27日）

张小月（2018年3月27日-2020年6月5日）

李大维（2020年6月5日-8月3日）

许胜雄（代理：2020年8月20日-2023年2月14日）

李大维（2023年2月14日-2024年6月7日）

郑文灿（2024年6月7日-7月7日）

许胜雄（代理：2024年7月18日-　）

该会的主要工作有如下7项业务：

（1）两岸人民入出境收件、核转及有关证件签发补发。

（2）祖国大陆地区文书验证、身份关系证明、协助诉讼文书送达及两地人犯遣返。

（3）祖国大陆地区经贸资讯的收集发布，间接贸易、投资及其争议的协调处理。

（4）两岸人民有关文化交流事宜。

（5）协助保障台湾地区人民在祖国大陆地区停留期间的合法权益。

（6）两岸人民往来有关咨询服务。

（7）“政府”委托办理的其他事项。

大陆方面的海峡两岸关系协会（简称“海协会”）（Association for Relations Across the Taiwan Straits，缩写ARATS）于1991年12月1日成立，是社会团体法人，以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国统一为宗旨。台湾方面的“海峡交流基金会”（简称“海基会”）（Straits Exchange Fundation，缩写为SEF）于1990年11月21日成立，1991年3月9日举行开幕式正式挂牌运行。主要功能是接受台当局“陆委会”委托，办理两岸交流所衍生的各项事务。

1992年

海协会与海基会在香港就两岸事务性（公证书使用）商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“用各自口头声明的方式表述一个中国”原则，即“九二共识”，这也为两会商谈和海协会会长汪道涵及海基会董事长辜振甫的会晤奠定了基础。

1993年

4月，第一次“汪辜会谈”在新加坡举行会晤，两岸关系迈出历史性的重要一步。

1994年

1994年1月31日到2月5日、1994年8月4日至8月7日，海基会副董事长兼秘书长焦仁和与海协会常务副会长唐树备先后在北京、台北进行二度“焦唐会谈”，就如何落实“辜汪会谈共同协议”及后续事务性协商问题进行会谈，两度焦唐会谈后，1994年8月24日，依“两会联系与会谈制度协议”第五条通过订定《两会商定会务人员入出境往来便利办法》。

1998年

10月，辜振甫与汪道涵在上海举行了第二次“汪辜会晤”或称辜汪会谈，双方达成包括两岸继续进行政治对话及汪道涵应邀访台的共识。但这一新局面不久再次遭到李登辉的破坏。

1999年和2000年

1999年，李登辉抛出“两国论”，拆毁了两会商谈的基础；2000年，陈水扁上台后，拒不承认一个中国的原则，拒不承认两岸两会达成的“九二共识”，两岸关系持续陷入紧张僵局，两会未能再续协商，汪辜无法再度会晤，二老也带着遗憾离开人世。

2008年

5月29日，海协会致函海基会，邀请海基会董事长江丙坤、副董事长兼秘书长高孔廉于6月11日至14日率团访问北京，就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游事宜进行商谈；5月30日，海基会函复海协表示同意。

6月12日，海基会董事长江丙坤和海协会会长陈云林在北京举行协商谈判，两会在中断9年多后恢复往来与协商谈判，被视为当前两岸关系改善和发展的重要标志。针对多项攸关两岸交流议题达成共识，包括两岸包机直航、大陆观光客来台等，并将推动两岸合作在台湾海峡海域探勘开发油田。双方并签署《海峡两岸包机会谈纪要》。

11月3日上午，海协会协商代表团从北京出发。中午，抵达桃园机场后随即转往下榻的圆山饭店。下午，陈云林会长拜会辜严倬云女士，两会副会长进行相关协议预备性磋商。晚上，海基会欢迎晚宴。

11月4日上午，在台北圆山饭店举行两岸第二次“陈江会谈”。双方由海峡交流基金会董事长江丙坤与海峡两岸关系协会会长陈云林率领代表团，针对两岸包机直航新航线及增加班次与航点、两岸海运直航、全面通邮、食品安全管理机制，以及面对世界金融风暴两岸如何应对等问题进行协商。

这是海峡两岸官方首度在台湾举行的协商谈判，受到全球瞩目，也创下台湾史上采访记者人数最多的纪录。本次协议内容生效后，两岸将全面开启大三通。

同日下午，两会签署协议，两会分别召开记者会。下午，陈云林会见赖幸媛，海基会酒会。晚上，国民党荣誉主席连战晚宴。

11月5日上午，两岸工商及航运座谈会，两岸金融座谈会。中午，亲民党主席宋楚瑜午宴。下午，参访新竹科学工业园区。晚上，国民党主席吴伯雄晚宴。

11月6日上午，出席两岸互赠珍稀动植物记者会。11时，与台湾地区领导人马英九会面。晚上，海协会答谢宴会。

11月7日上午，陈云林一行搭乘周末包机返回北京。

2010年

6月29日，台湾海基会和中国大陆海协会在重庆签订《海峡两岸经济合作架构协议》，又称《海峡两岸经济合作框架协议》（英文译名：Economic Cooperation Framework Agreement，ECFA）。

第一条　本财团法人定名为“财团法人海峡交流基金会”（以下简称本会）。

第二条　本会以协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务，并谋保障两地区人民权益为宗旨，不以营利为目的。但提供服务时，得酌情收服务费用。

第三条　本会为达成前条所定之宗旨，办理及接受政府委托办理下列业务：

一、台湾地区与大陆地区人民入出境案件之收件、核转及有关证件之签发补发等事宜。

二、大陆地区文书之验证、身分关系之证明、协助诉讼文书之送达及两地人犯之遣返等事宜。

三、大陆地区经贸信息之搜集、发布；间接贸易、投资及其争议之协调处理等事宜。

四、两地区人民有关文化交流之事宜。

五、协助保障台湾地区人民在大陆地区停留期间之合法权益。

六、两地区人民往来有关咨询服务事宜。

七、政府委托办理之其它事项。

第四条　本会之主事务所设于台北市，并得视业务需要，在海外及大陆地区设置分事务所。

第五条　本会基金来源，由捐助人五十三人共捐肋新台币陆亿柒仟万元成立之。本会经费之来源如下：

一、基金运用之孳息。

二、委托收益。

三、政府或民间捐赠。

四、依本章程第二条所收取之费用。

第六条　本会设董事会，为本会之决策机构，掌理基金之筹募、保管及运用，秘书长之任免，工作方针之核定，业务计划及预算之审议等事宜。

第七条　本会董事会置董事四十三人。第一届董事由捐肋人选聘之。

本会董事长一人，综理会务，对外代表本会。副董事长一至三人，襄助董事长处理会务。均由董事互选之。

本会名誉董事长一人，由董事会敦聘德高望重之人士担任。名誉董事长、董事长、副董事长及董事，均为无给职，但得酌支交通费。

第八条　董事任期三年，连选得连任。

董事长、副董事长、董事在任期内，遇有辞职或其它原因出缺时，得由本届董事会补选之。其任期以补足原任期为限。

第九条　每届董事会于任期届满前一个月，推选次届董事人选。新任董事会于上届任满之日成立，并依第七条第二项规定选举董事长及副董事长。

第十条　董事会每三个月召开会议一次，由董事长召集并为主席。董事长因故缺席，由副董事长代理之。董事长、副董事长均缺席时，由董事互推一人代理之。董事长认为必要或经董事三分之一以上提议，得召开临时董事会。

第十一条　董事会之决议，须经二分之一以上董事出席，并以出席董事过半数同意行之。

第十二条　董事因故不能出席前条所定之会议时，得委托其它董事代行职务。但每一董事以受一人委托为限。

第十三条　本会置秘书长一人，由董事长提名，经董事会同意聘任之；解任时亦同。秘书长承董事会之命，综理本会事务。

第十四条　本会置副秘书长一至三人，主任秘书一人，由秘书长提请董事长同意聘任之；解任时亦同。

第十五条　本会设左列各处，办理第三条所定业务：

一、秘书处

二、文化服务处

三、经贸服务处

四、法律服务处

五、旅行服务处

六、综合服务处

各处置处长一人，视业务繁简，得置副处长一至二人，专员、组员、办事员、雇员若干人，并得于处下分科办事。本会视需要得设人事室及会计室。

本会海外及大陆地区设立之分事务所各置主任一人，视业务綮简，得置副主任一至二人，其它人员配置得比照前项办理之。

第二项及第三项所定工作人员，由秘书长提请董事长聘任之。其职掌及人员分配，另以职掌表及编制表定之。

第十六条　本会置监事陆人，由捐肋人选聘之，掌理基金、存款之稽核，财务状况之监督及决算表册之查核等事宜。

第十七条　监事之任期、缺任、给与及次届监事之产生等，均准用本章程有关董事之规定。

第十八条　本会得因业务需要，由秘书长提请董事长同意聘任顾问若干人。

第十九条（删除）。

第二十条　本会之会计年度，与政府之会计年度同。

第二十一条　本会秘书长应于会计年度开始前三个月拟定业务计画及预算，提报董事会审议通过后执行。

第二十二条　本会基金之保管及运用，应于会计年度结束后二个月内编制基金保管及运用报告、暨全年度决算，提报董事会通过后，送请监事核备。

第二十三条　本会年度经办业务及基金收支平衡表，均应依法向主管机关报备。

第二十四条　本会因情势变更，致不能达捐肋目的时，得依法报经主管机关许可后，解散之。本会解散后，应依法办理清算。其剩余财产，归属国库。

第二十五条　本章程未规定事宜，依有关法令规定办理之。本章程于一九九零年十一月廿一日经董事会通过订定，于报请主管机关核备后施行。

“海基会”首任董事长，辜振甫，字公亮，1917年1月生。台湾省彰化县人，祖籍福建省惠安县。1940年毕业于台北大学政治学系，后到日本帝国大学（东京大学前身）做财政及工商管理研究。1964年台湾地区“国防研究院”第六期结业。1975年获韩国高丽大学荣誉经济学博士学位。1992年5月获美国宾夕法尼亚大学荣誉法学博士，同年八月，他当选世界管理理事会下属学术机构国际管理学院院士。

辜振甫是岛内拥有头衔最多、最具影响力的企业家，在台湾经济界及政坛上十分活跃。1990年美国《福布斯》杂志将他列入全球一百八十一个资产超过十亿美元的富豪之列。1998年列台湾百大富豪第十一位。

1988年6月，辜振甫被聘为台湾当局“国策顾问”。1990年4月被聘为“国统会”委员及“国是会议”筹备委员。同年11月，台湾海峡交流基金会成立，辜当选海基会董事长。1991年被聘为“总统府资政”。1993年4月27日，辜代表台湾地区海基会与祖国大陆海协会会长汪道涵在新加坡举行了“汪辜会谈”。

辜振甫十分爱好京剧。他从六、七岁起就与京戏结缘。早年辜家院子里有演京戏的戏院子，辜从小就耳濡目染。辜振甫曾到北平（今北京）、上海、香港拜师学戏，曾拜余叔岩为师。他认为，在他的戏曲人生中，最值得回忆也是影响他最深的，则是他二十岁左右在北平的那一段日子。此外，辜振甫还擅长油画，懂诗文，喜欢收藏文物。

2005年1月3日凌晨4时，辜振甫因癌症导致肾脏等器官衰竭在台北振兴医院病逝。

1938年3月23日出生，台湾地区政治人物，曾任台湾当局台湾地区行政管理机构负责人。

出生于台湾嘉义市一个长老教会家庭。就读于台湾大学法律系期间，1962年开始于高雄市执业，之后前往平民律师服务中心担任志愿律师，同时担任台湾教会公报理事长。

“美丽岛事件”时，张俊雄出面为高俊明牧师辩护；也因此步入政坛，于1983年高票当选增额民意代表；1989年、1992年、1995年、1998年民意代表；而1986年组建民进党时，是组党的“十八人建党小组”之一。历任民进党中常委、秘书长。2000年10月，张俊雄成为第一位民进党籍的台湾地区行政管理机构负责人。2004年，被提名为不分区民意代表。

海基会董事长辜振甫逝世后，由他接任董事长一职。2007年5月，重新担任台湾地区行政管理机构负责人一职。

1951年出生，民进党骨干人物，台湾彰化县人。

毕业于台北医学院，加拿大多伦多大学医学硕士。出身基督教长老会家庭，投身宗教活动，任台湾长老会社会服务发展委员会委员、常委，青年事工委员会常委，马偕医院精神科医师、主任等职，并任台湾人权促进委员会执行委员。1983年参与“党外”运动，为“党外”人士助选，1984年加入“党外编辑作家联谊会”（“编联会”）。1986年底出任民进党中央常务委员，为新兴党外运动骨干。并在台北当选“国大代表”。1987年6月任“编联会”会长。1989年当选“立法委员”。11月参与筹建“新国家联线”，任“五人工作委员会”成员。民进党新潮流系核心人物。1992年12月当选“立法委员”。

1932年12月16日出生于台湾省南投县。国民党中常委、副主席。

1959年台湾省立法商学院地政学系毕业。1971年获日本东京大学农业经济学博士学位。曾任国民党第十四届中央委员。国民党中央常务委员。2003年3月30日，在国民党第十六次全国代表大会第二次会议第二次大会上当选为国民党副主席。

曾代表台湾当局先后出任过驻日本大使馆经参处处员、助理商务专员，驻南非约翰内斯堡总领事馆商务专员，驻南非大使馆经济参事。1982年结束驻外生活，先后出任过台湾当局“经济部门”国贸局副局长，台湾外贸协会秘书长，台湾当局“经济部门”国贸局长，“经济部”常务次长、政务次长，“经济部长”，“经济建设委员会主任委员”，台行政管理机构南部服务中心主任，台行政管理机构政务委员。

2012年9月19日下午，江丙坤召开记者会宣布，基于年龄、体力及生涯规划等原因，其已向台湾当局领导人提出辞呈并获批准，并于9月27日正式卸任海基会董事长一职。

2012年9月27日，台湾海峡交流基金会举行董监会，接受江丙坤辞去董事长职务，并选举林中森为新任董事长。

2012年10月16日上午，率团从桃园机场启程前往北京，开始访问大陆，展开“精进之旅”。这是林中森就任海基会董事长以来首度参访大陆，也是林中森第一次赴大陆。

2016年9月1日，田弘茂出任海基会新任董事长。

2018年3月27日，张小月正式接任海基会董事长。

任期2020年6月至2020年8月，2023年2月14日至2024年6月7日。

2024年6月7日上任，因贪污案，同年7月7日辞去海基会董事长职务。

代理董事长，任期2020年8月20日-2023年2月14日，2024年7月18日至今。