海域中有一珊瑚岛海脊把班达海分为南北两部分 ：北部是北班达海盆，深度有5790米；南部是南班达海盆，深度在5395米。南班达海盆又被阿比火山和一列活火山岛弧分为南班达海和韦塔海盆 。韦塔海盆是班达海中最深的部分，深度达7440米。海区位于地壳不稳定活动带上，多火山岛。在巽达海沟的东方，有帝汶海沟及阿鲁海沟这两个海沟位于帝汶岛级塔宁巴岛南边，而阿鲁海沟位于阿鲁群岛以西。这三个海沟全部位于东南亚板块之下印度-澳大利亚板块的潜没带，而印度-澳大利亚板块正在往北移。北移的印度-澳大利亚板块折叠运动持续的带来前弓形的冲积物，这些冲积物形成了帝汶岛。

靠近班达海的岛屿包括西面的苏拉威西岛，以及布鲁岛、安汶岛、塞兰岛、阿鲁群岛、塔宁巴尔群岛和帝汶岛，班达海内的岛屿则包括班达群岛。班达海沿岸地区布满岩石构成的小岛，船只难以航行，海洋的中部则相对安全。班达海是沟通太平洋和印度洋的水域，是周围岛屿间进行交通、贸易的海上通道。