短杆菌肽S最早是由俄国微生物学家Georgyi Frantsevitch Gause和他的妻子Maria Brazhnikova于1942年发现的。在被发现后的最初几年里，一直到1946年，它在苏联的军队医院中被用来治疗前线受伤的士兵。Gause也因此获得了苏联国家奖（Госуда́рственная пре́мия СССР）。该药于1944年被苏联卫生部通过国际红十字会赠与英国，以求能通过合作研究获得其化学结构。英国化学家Richard Synge通过纸色谱证明了这个化合物是个具有环肽结构的抗生素。他后来因为出色的色谱学研究获得了诺贝尔化学奖。而该化合物的最终晶体结构是由多萝西·克劳福特·霍奇金（Dorothy Hodgkin）和Gerchardt Schmidt测试并发表。正因为短杆菌肽S的发现和对抗生素研究的重大贡献，Gause即使在李森科主义盛行的年代也没有受到太大的影响，而和他同时期的苏联科学家有很多都被处决。事实上，正是因为他极力推广抗生素的大规模生产，使得与他合作的基因学家Joseph Rapoport和Alexander Malinovsky能够幸免于难，而这两人在后来终结李森科主义的过程中起到了积极的作用。