胡会恩年少跟从叔父胡渭学习，深得学问精奥。他是明朝胡友信之后裔。胡会恩进士及第后，授翰林院编修。康熙二十五年三月，为《一统志》纂修官。一年后，胡会恩以右中允充日讲起居注官、大理寺少卿。康熙三十七年，授内阁学士，兼礼部侍郎衔。康熙三十九年七月，经人举荐，胡会恩擢兵部督捕右理事官。他提出：跟随犯人逃的连坐，犯人是独子的留养例；又提出设置女监。不久，胡会恩晋升兵部右侍郎。康熙四十一年四月，改左侍郎。康熙四十三年四月，胡会恩迁任礼部右侍郎管左侍郎事。康熙四十八年十一月，改任礼部左侍郎。康熙五十一年四月，胡会恩擢升刑部尚书，凡纂修的事宜及差役他都参与其中。而后，他入值南书房，扈驾征厄鲁物大捷。又奉命祭告太昊以下六陵。胡会恩累升内阁学士，礼、兵二部侍郎，充经筵讲官。恭遇圣驾南巡、扈跸皆得圣意。康熙五十二年五月，他请假省墓。胡会恩改吏部侍郎升刑部尚书，他以勤慎颇称康熙帝心意。以前胡会恩扈驾南巡，皇帝曾问及他的家世，胡会恩以高祖胡友信答对。康熙帝御书“名文实政”四字，悬挂匾额于他的家庙。他乞休迁葬，奉颜家庙，告归迁葬其亲，遂及同父兄弟四人并亲属十七棺，一时此举，人们都称为大义之事。迁葬完毕，胡会恩回京。康熙五十四年十月，胡会恩病卒，官至刑部尚书，入祀乡贤祠，他生平以勤慎称于世。