顺治元年（1644年），马国柱跟从清兵入关，官授左佥都御史。清朝大军占领了山西的大同、代州，七月，清政府任命马国柱以右副都御史的身份去山西做巡抚，马国柱取道昌平，出居庸关，到山西代州任官。清军自忻州出兵攻克了太原，马国柱也跟着进驻太原。大军出行时，马国柱为其出谋划策。汾州、平阳、潞安、泽州各地依次被清军克复。李自成的大将李过、高一功败退到了陕北的绥德，马国柱上疏请求清政府分兵东西夹击他们，使他们首尾不相应，顺治帝听从了他的建议。

顺治二年（1645年），马国柱派遣游击杨捷攻打并斩杀了阳曲的盗匪首领阎汝龙，又派遣大将去讨平岚县的盗匪高九英，招降了四十余寨。交城的盗匪首领梁自雨、河曲的盗匪首领李俊与高九英成掎角之势，马国柱再次分兵去攻伐。马国柱巡抚山西一年有余，捕杀诛灭了李自成潜伏在民间的农民军余孽，安定当地秩序并安抚人民，人们逐渐的恢复了各自的职业。过往的客商和军人，他都悉心去安置他们。同年十月，马国柱被提升兼兵部侍郎，总督宣大。

顺治四年（1647年）七月，马国柱加兵部尚书，被任命去总督江南省（今安徽、江苏）、江西、河南三个行省。成为清朝占领两江地区后的首任总督。

顺治五年（1648年）正月，安庆的为乱者冯洪图攻陷安徽巢县，并攻掠了无为，马国柱令按察使土国宝跟从侍郎鄂屯率领大军去讨伐，擒获了冯洪图及其党羽蒋懋修、钟武等人。后来江西总兵金声桓叛乱，他的大将潘永禧进犯徽州，马国柱派遣满洲驻防的官兵去击破了他们，克复祁门、黟县二地。顺治帝命征南大将军谭泰率领大军讨伐金声桓，连克九江、南康、饶州等地。南明的尚书余应桂占据都昌，在鄱阳湖上出没，马国柱命令副将杨捷等人跟从谭泰攻克了都昌，擒拿了余应桂；又在武宁击败了余应桂的大将邓应龙等人。十月，广东的叛将李成栋自南雄侵犯江西赣州，马国柱派遣大将与江西巡抚刘武元合兵击杀李成栋。

顺治六年（1649年），王定安在湖广为乱，攻陷罗田，并且与英山的盗匪陈元等人相勾结攻掠霍山，马国柱派遣中军副将朱运亨等攻打他们，在三尖山大战，陈元等人不敌逃走了；马国柱又令总兵卜从善围剿白云、梅家、英窠等寨的叛匪。南明石城的王统锜率领五千余人自金紫寨前来支援，背靠着山列阵，卜从善与他们进行大战，俘获了许多他们的人马，擒拿了叛匪所置的总兵孔文灿、副将方学达等人。马国柱又率领大军与江宁昂邦章京巴山、提督张大猷合兵一处讨伐六安的盗匪，围将军寨，击斩张福寰，招降盗匪所置的总兵王俊、副将霍维伦等人。安徽境内的各个势力，往往依山结寨相勾结，至此都被平定。明鲁王朱以海在舟山，他的大将吴凯占据大兰山，顺治帝命马国柱去剿抚。马国柱知宁波诸生方圣时与朱以海的大臣严我公是好朋友，就让方圣时去招降严我公，严我公投降，马国柱护送他去京师。顺治帝派遣他去招降吴凯，马国柱又写了书信，吴凯与他的将顾奇勋、姜君献、陈德芝等人全部投降。

顺治七年（1650年），马国柱官加太子少保。顺治九年（1652年）七月，张自盛在福建为乱，很快进入江西境内，马国柱和提督刘光弼击斩他们所置总兵李全等，很快擒拿张自盛。

顺治十一年（1654年）正月，南明大将张名振攻打崇明、刘河、吴淞，马国柱招募水师，派遣总兵王璟、副将张恩达分别率领水军，在靖江打败张名振，又在泰兴击败了他，并捣毁了他的战船，张名振败退。二月，赖龙在湖广为乱，号为“红头贼”，从桂东地区侵入江西境内，马国柱与湖广总督祖泽远合兵攻打桂东，平定叛乱后，又加封为太子太保。

之后马国柱很快告老退休了。马国柱刚刚到江南的时候，驻防兵与老百姓关系不融洽，马国柱巧妙地加以安抚民众，很快使得军民之间相安无事。

康熙三年（1664年）二月，马国柱病逝。

马国柱于顺治四年（1647年）八月到顺治十一年（1654年）十月期间，奉旨担任江南江西河南总督，他亦为清朝占领两江地区后的首任总督。正式官衔为“总督江南、江西和河南等处地方提督军务、粮饷、操江、统辖南河事务”，总管江苏、安徽、江西及河南省的军民政务。顺治六年（1649年）九月马国柱不再节制河南省的官员，成为首任江南江西总督。在总督期间多次平定民变和南明军队的反击，对清军的迅速推进有很大贡献。

《清史稿》：天聪八年，举人凡十六人，汉人习汉书者，齐国儒、朱灿然、罗绣锦、梁正大、雷兴、马国柱、金柱、王来用，得八人。国柱及绣锦、兴、来用入关后，皆至督抚，而国柱、绣锦、兴又同值文馆。

马国柱墓位于南口镇西北东园子村山坡上。清康熙三年（1664年）马国柱葬于北京昌平。马国柱墓清朝末年、民国初年两次被盗。墓地其他无存，现仅存龙首、龟趺墓碑一通。墓碑为汉白玉石质，立于清康熙四年（公元1665年）碑文用满汉两种文字，至今保存完好。2003年7月被列为昌平区文物保护单位。