嘉靖四十四年（1565年），接连升任大理寺右少卿、左少卿。年底，进官都察院右佥都御史，辅佐工部尚书朱衡治黄河，从此开始治河生涯。当时黄河泛滥，朱衡力主开新河，与潘季驯意见相左。

嘉靖四十五年（1566年）初，朝廷遣工科给事中何起鸣勘河。潘季驯仍力请恢复黄河和大运河故道未被采纳。在他的一再请求之下，才同意恢复留城以下运河旧道五十余里。留城以上运河改道昭阳湖东岸，开南阳至留城新河一百四十余里。在新河基本竣工后，潘季驯又疏请勘查黄河上游情况，因朱衡不同意而作罢。旋即因丁母忧而离职。

隆庆元年（1567年），潘季驯在家教子读书。同年，新河工成，潘季驯进升都察院右副都御史。

隆庆四年（1570年）秋，黄河决于邳州、睢宁，出小河口，淤塞运河道一百余里。八月，潘季驯以原官被起复，第二次总理河道，奉命堵塞决口。年底赴邳州料理河工。

隆庆五年（1571年）正月，开始兴工，大治邳睢决河。潘季驯下令塞决筑堤，开渠引水攻沙。后来，河工将竣，黄河又自灵壁双沟而下大决口，北决三处，南决八处，以及其他小决口四十余处。潘季驯上书自劾，奏上《议筑长堤疏》，提出“欲图久远之计，必须筑近堤以束河流，筑遥堤以防溃决”。之后又奏上《正漕复通疏》，阐述其“束水攻沙”思想的来源，陈述他反对留决口使两河并行的观点。邳睢间工程稍稍就绪，他又以山东久旱，拨棹而西，策划闸河水源工程。整个治河工程于年底完毕，黄河重归故道，漕运又得疏通。是役，潘季驯率丁夫五万，浚匙头湾以下正河八十里，筑缕堤三万余丈，先后塞诸决口。共费帑金九万二千两，河工毕后，解出数万艘被困于积淤的官民舟船。潘季驯请求录效劳诸臣的功劳，遭朱衡批驳。不久后因以运输船只漂没事故，遭勘河给事中雒遵弹劾，被罢官。潘季驯回家后，建毗山草堂，筑祝亲家庙，整日读书于其中。

万历四年（1576年）三月，潘季驯奉命以总理河道、右副都御史原职巡抚江西。抵任后，他整顿邮传，减少徭役，都得到谕旨通行，作为各地的示范。

万历五年（1577年），潘季驯在江西兴制钱法，开辟书院。又组织修筑德化县桑落堤七十余里，历经五个月告成。十一月，潘季驯入朝升任刑部右侍郎。

万历六年（1578年）二月，潘季驯以都察院右都御史兼工部左侍郎总理河漕，兼提督军务，第三次主持治河。年中，潘季驯赴任济宁，随即沿河勘查灾情，然后提出了全面治理黄、淮、运河的总体规划书（即《两河经略疏》），条陈了“治河六事”。随后提出了工程管理方面的“河工八事”，并请求勘查河南境内的黄河故道，争取上下游全面治理，因遭地方官吏的反对未成。九月，两河工程正式开工。

此前，潘季驯交章论劾徐州道副使林绍治河无状。继而林绍为报复潘季驯，散布对他不利的浮言。最后在张居正的支持下，林绍反诬失败，被勒令“冠带闲住”。

在此次治河过程中，潘季驯在高家堰工地上亲自督工，沐雨栉风，不避寒暑，与筑堤夫役每天一同劳动。到万历七年（1579年）初，“两河”工程初见成绩，明神宗赏赐钱物。同年冬，工竣，神宗赏其银币等物。这次治河后，黄河下游得以数年无恙。

万历八年（1580年）二月，潘季驯等奏报“河工告成”，神宗降旨奖谕，首加潘季驯为太子太保，进升工部尚书兼都察院左副都御史，允许他的一个儿子“入（国子）监读书”。同年夏，淮河出现雨涝，洪水直逼泗州城。御史徐用宾、给事王道成等“请敕河臣治之”，潘季驯上疏辩解。六月，调任南京兵部尚书，待“九月间水落事宁，具奏赴任管事”。潘季驯上疏辞谢，朝廷不准。张居正去信道明其中原委，以示安慰。年底，泗州乡官常三省等人联名上揭诬告潘季驯治河不当，威胁泗州及“祖陵”安全。潘季驯上《高堰请勘疏》，驳斥常三省等人的浮言。朝廷最后革常三省职为民，命潘季驯继续修筑高家堰石堤。

万历九年（1581年），仍任南京兵部尚书，并参赞机务。他坐镇南京，威慑骄兵，维持了当地的社会秩序。

万历十一年（1583年）正月，潘季驯被改调入京，为刑部尚书。同月，神宗因漕河高堰完工，赏赐潘季驯及之前协助潘季驯治河的原任兵部尚书凌云翼等财物。潘季驯主管刑部后，锐意改革，将参差交错的法例“折衷划一”，仔细整理为科条后上奏。朝廷将之定为制度，下旨颁行。

万历十年（1582年），内阁首辅张居正逝世。万历十二年（1584年），神宗对张居正进行清算，下诏抄其家，张居正的长子张敬修自缢而死，全家饿死十余口。潘季驯心有不忍，上疏神宗，认为“治居正狱太急”“至于奄奄待毙之老母，茕茕无倚之诸孤，行道之人皆为怜悯”，神宗看后，虽然下诏留下空宅一所、田十顷，以赡养张母，但内心深感不悦。而在御史李植、江东之等人与阁臣申时行、吏部尚书杨巍互相攻讦，潘季驯帮助申时行等。七月，李植劾以党庇张居正，“朋党奸逆，诬上欺君”，言辞刻薄。神宗令潘季驯自辩，潘季驯上疏认罪，神宗大怒，于七月十五日夺去他的诰命，将其削籍为民。

万历十三年（1585年），御史李栋、董子行分别上言，认为潘季驯“罪轻责重”，均被神宗罚俸处理。此年四月，御史蔡系周上疏弹劾李植，并为潘季驯申冤道：“陛下欲雪枉，而刑部尚书（指潘季驯）之枉，先不得雪。”

正在李栋、董子行、蔡系周及常居敬先后上疏举荐或为潘季驯申冤时，万历十六年（1588年）黄河发生大患。同年，在给事中梅国楼与科道诸臣的举荐，潘季驯复官右都御史，仍受命总督河道兼理军务。

在第四次治河期间，潘季驯建树甚微，他原计划再行恢复黄河的另一段河道，但因缺乏资金而未能实现。万历十七年（1589年）至万历十八年（1590年）间，潘季驯先后两次控制了徐州周边的黄河险情，但洪水还是接踵而来。万历十九年（1591年）秋，决堤的洪水漫入明祖陵附近大殿，潘季驯再次遭弹劾。同年冬十一月，潘季驯被加授为太子太保、工部尚书兼右都御史。由于身体衰弱，他自万历十八年（1590年）起，多次向朝廷辞休，起初未被允准。但到万历二十年（1592年），神宗准其所请，于是潘季驯致仕，正式结束了近半个世纪的仕宦生涯。

万历二十一年（1593年），潘季驯罹患风瘫，半身不遂。万历二十三年（1595年）四月十二日（5月20日），潘季驯逝世，享年七十五岁。葬于三墩（在湖州乌程县北二十五里）。他死后并未得到朝廷的恤典，直到万历四十七年（1615年），经礼部陈述潘季驯之功，神宗才命赐祭四坛，由官府为其造坟安葬。

潘季驯从嘉靖四十四年（1565年）到万历二十年（1592年），四次主持治河工作：

潘季驯治河前后将近十年，明代治河诸臣任职时间之长无出其右者。特别是后两次，治河大权全归于潘季驯，朝廷特准“便宜行事”，取得了显著的成就。

潘季驯在一生四次治河中，不辞辛劳，上到河南，下至南直隶，多次深入工地，并对黄、淮、运三河提出了综合治理原则：“通漕于河，则治河即以治漕，会河于淮，则治淮即以治河，会河、淮而同入于海，则治河、淮即以治海。”在此原则下，他根据黄河含沙量大的特点，又提出了“以河治河，以水攻沙”的治河方策。

为了达到束水攻沙的目的，潘季驯十分重视堤防的作用，把堤防比作边防，强调“堤防者，防水之外也”。他总结了当时的修堤经验，创造性的把堤防工作分为遥堤、缕堤、格堤、月堤四种，因地制宜地在大河两岸周密布置，配合运用。他对筑堤特别重视质量，提出“必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜居费”，“逐一锥探土堤”等修堤原则，规定了许多行之有效的修堤措施和检验质量的办法，取得了较好的效果。

潘季驯主张合流，但为了防御特大洪水，在一定条件下，他并不反对有计划地进行分洪，如在《两河经略疏》中就明确指出：“黄河水浊，固不可分。然伏秋之间，淫潦相仍，势必暴涨。两岸为堤所固，水不能泄，则奔溃之患，有所不免。”

在束水攻沙的基础上，潘季驯又提出在会淮地段“蓄清刷黄”的主张。他认为“清口乃黄淮交会之所，运道必经之处，稍有浅阻，便非利涉”，如果想要顺利通行，“须令全淮之水尽由此出”。在这一思想指导下，根据“淮（河）清（黄）河浊，淮弱河强”的特点，他一方面主张修归仁堤阻止黄水南入洪泽湖，筑清浦以东至柳浦湾堤防不使黄水南侵；另一方面又主张大筑高家堰，蓄全淮之水于洪泽湖内，抬高水位，使淮水全出清口，以敌黄河之强，不使黄水倒灌入湖。潘季驯认为采取这些措施后，将使黄淮之水全力冲入大海，带走了沉积的大量泥沙，以达到“海不浚而辟，河不挑而深”的效果，所以他认为“固堤即以导河，导河即以浚海”。

潘季驯不仅是“束水攻沙”方策的提出者，而且是这一方策的大力实践者。万历七年（1579年），他第三次治河时，本着“塞决口以挽正河，筑堤防以溃决，复闸坝以防外河，创滚水坝以故堤岸，止浚海工程以省靡费，寝开老黄河之议以仍利涉”的治理原则，这次治河，潘季驯共筑高家堰堤六十余里，归仁集堤四十余里，柳浦湾堤东西七十余里，堵塞崔镇等地的决口一百三十余处，筑徐州、睢宁、邳州、宿迁、桃源、清河两岸的遥堤五万六千余丈，砀山、丰城大坝各一道，徐、邳、丰、砀的缕堤一百四十余里，建崔镇、徐升、季泰、三义的减水石坝四座，淮安、扬州之间大修堤坝，总计花费帑金五十六万余。经过这次治理后，“高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患”，取得了可喜的成绩。

万历十六年（1588年），潘季驯第四次治河。他鉴于上次所修的堤防数年来已经遭受不同程度的损坏，防洪的作用大为降低，于是在南直隶、山东、河南等地，普遍对堤防闸坝进行了一次整修加固工作。根据潘季驯在《恭报三省直堤防告成疏》所指出的，仅在徐州、灵璧、睢宁、等十二州县，加帮创筑的遥堤、缕堤、格堤、太行堤、土坝等工程共长十三万丈。在河南荥泽、原武、中牟等十六州县中，帮筑创筑的遥、月、缕、格等堤和新旧大坝更长达十四万丈，进一步巩固了黄河的堤防，对控制河道起了一定作用。

潘季驯四次治河的成绩是显著的，特别是束水攻沙论的提出，对明代以后三百余年的治河工作产生深远影响。应该说，在河患十分严重、河道变迁频繁的明代，潘季驯能针对当时乱流情况，提出束水攻沙的理论，并大力付诸实践，是一种超越前人的创举。他在第三次治河后，经过整治的河道十余年间末发生大的决溢，行水较畅，这在当时不少人都是承认的。如常居敬就曾在《钦奉敕谕查理黄河疏》中说：“数年以来，束水归槽，河身渐深，水不盈坝，堤不被冲，此正河道之利矣。”在潘季驯四次治河时，他又大筑三省长堤，将黄河两岸的堤防全部连接起来加以巩固，黄河河道基本趋于稳定，扭转了嘉靖、隆庆年间河道“忽东忽西，靡有定向”的混乱局面。这些成就，是同时代的任何人所未达到的。

但也应当看到，潘季驯治河还只是局限于河南以下的黄河下游一带，对于泥沙来源的中游地区却未加以治理。源源不断而来的泥沙，只靠束水攻沙这一措施，不可能将全部泥沙输送入海，势必要有一部分泥沙淤积在下游河道里。潘季驯治河后，局部的决口改道仍然不断发生，同时蓄淮刷黄的效果也不理想。因为黄强淮弱，蓄淮以后扩大了淮河流域的淹没面积，威胁了泗洲及明祖陵的安全。由此可见，限于历史条件，潘季驯采取的治理措施，在当时是不可能根本解决黄河危害的问题的。

总的来说，潘季驯的治河方法对后世产生极大影响，如清初的杨方兴、朱之锡及靳辅等治河名臣都继承了潘季驯的方法治理黄河，取得一定成效，尤其以靳辅、陈璜的成就最高。他在潘季驯方略的基础上对黄河水患进行了全面勘察，提出了对三大河流进行综合整治的详细方案，并组织实施，终使堤坝坚固，漕运无阻。在潘季驯治河三百年之后，一些具有现代科学知识的西方水利专家向清政府提出“采用双重堤制，沿河堤筑减速水堤，引黄河泥沙淤高堤防”的方案，并撰成论文发表，引起了国际水利界的关注。不久以后，他们便发现这不过是潘季驯理论与实践的翻版，德国河工专家恩格斯叹服道：“潘氏分清遥堤之用为防溃，而缕堤之用为束水，为治导河流的一种方法，此点非常合理。”

张居正：

王世贞：“不佞盖三复公疏而叹曰：纯臣哉，潘公也……推公意宁不获以其身当上赏，不欲使国被实费而河隙实利于戏，岂不亦皎然纯臣哉……不佞窃谓公之功一世功也，其言借水攻沙，以水治水则百世功也。”

王世懋：“国朝称治河功，前有陈平江瑄，宋尚书礼，徐武功有贞，刘尚书大夏，近则潘尚书季驯。”（《窥天外乘》）

李栋：“隆庆间，河决崔镇，为运道梗。数年以来，民居既奠，河水安流，咸曰‘此潘尚书功也’。昔先臣宋礼治会通河，至于今是赖……今季驯功不在礼下，乃当身存之日，使与编户齿。”

李国上：“先年河决桃源崔镇口等与高家堰黄浦浅诸处，徐邳间俱成巨津，赖旧总河臣潘季驯创建遥堤，修闸坝，筑堰口，导汜滥，东归云梯关入海，五六年来无水患。”

何乔远：“予观刘天和、潘季驯所论，则治黄河在循故道，治漕河在沿旧制而已……嘉靖、隆、万之间，季驯四治河，河皆治。”

张惟贤：“礼部覆称（潘季驯）四任河漕，民兔鱼鳖，念廿修筑，国赖转输，虽有身后之株连，难免生前之伟烈。”

张岱：“我高皇帝奄有四海，留意河渠。历朝以来治河诸大臣，如宋礼、刘大夏、徐有贞、朱衡、潘季驯、王宗沐辈，宣劳效力，屡建奇功，利害相半。”

宋征壁：“有若刘庄襄（刘天和）之造车、余肃敏（余子俊）之修边、潘司空之治河、徐文定（徐光启）之制器，考其遗制，允为国工。”

谷应泰：“他如潘季驯之不失故道，不分浊流。杨一魁之首开武墩，次疏具坝，皆良策也。”

林时对：“本朝一代伟人，皆吾浙产也……经济则有嘉兴项襄毅忠（项忠）、仁和胡端敏世宁（胡世宁）、兰溪唐文襄龙（唐龙）、桐卢姚庄敏夔（姚夔）、乌程闵庄懿珪（闵珪）、常山樊清简莹（樊莹）、乌程潘司空季驯、平湖陆庄简光祖（陆光祖）、山阴朱司马元爕（朱燮元）。”

陈潢（清康熙年间治河专家）：“潘印川以堤束水，以水刷沙之说，真乃自然之理，初非娇柔之论，故曰后之论河者，必当奉之为金科也。”

阎若璩：“考万历六年，潘司空季驯河工告成，其功近比陈瑄，远比贾鲁，无可移易矣。乃十四年河决范家口，又决天妃坝；二十三年河、淮决溢，邳、泗、高、宝等处皆患水灾；天启元年河决王公堤。安得云潘司空治后无水患六十年！大抵潘司空之成规具在，纵有天灾，纵有小通变，治法不出其范围之外。”

张廷玉等：“事功之难立也，始则群疑朋兴，继而忌口交铄，此劳臣任事者所为腐心也。盛应期诸人（盛应期、朱衡、潘季驯等）治漕营田，所规画为军国久远大计，其奏效或在数十年后。而当其时浮议滋起，或以辍役，或以罢官，久之乃食其利而思其功。故曰：‘可与乐成，难与虑始。’信夫！”

纪昀等：“季驯在嘉靖、万历间，凡四奉治河之命。在事二十七年，著有成绩。”

包世臣：“河自生民以来，为患中国。神禹（大禹）之后数千年而有潘氏（潘季驯）；潘氏后百年而得陈君（陈潢）。”

赵尔巽：“明治河诸臣，推潘季驯为最，盖借黄以济运，又借淮以刷黄，固非束水攻沙不可也。”

李仪祉（近代水利专家）：“黄淮既合，则治河之功唯以培堤闸堰是务，其攻大收于潘公季训。潘氏之治堤，不但以之防洪，兼以之束水攻沙，是深明乎治导原理也。”

H·恩格斯（德国水利专家）：“潘氏分清遥堤之用为防溃，而缕堤之用为束水，为治导河流的一种方法，此点非常合理。”

（表格参考资料）

王世贞、徐中行、吴国伦、王世懋、董份

潘季驯依据治河的经验，反复研考，在著作中多次论述一般治水问题及具体治理黄河的问题。

他早期的著作有《宸断两河大工录》（《四库全书》著录改名《两河经略》4卷）、《两河管见》（3卷）及《塞决两河大工录》（10卷）。《四库全书总目提要》称赞《两河经略》：“所载诸疏，并规度形势，利弊分明，足以见一时施工之次第与所作河防一览，均为有禆实用之言，不但补史志之疎略，备图之考证已也。”

潘季驯晚年刊行《河防一览》（14卷），加入了其早期著作的大部分内容。这本书既全面继承了前人治河的主要成果，又系统总结了潘季驯长期治河的新经验。它既是束水攻沙论的主要代表作，又是中国16世纪河工水平、水利科学技术水平的重要标志。对此后300年的河工实践活动起着指导性的作用。清代第一任河道总督杨方兴曾评价该书说：“司河者略能记诵其《河防一览》中一二语，其所设施，便出人一头地。（潘）公之功其旷世而难泯，公之名虽千载亦不灭矣。”1936年版的《河防一览》书中附有大量地图、黄河地理与历史的研究、以对话的形式呈现的关于治河的论文、还有相关官方文件。还附有原本中未收，但在其早期著作中收录的一些奏疏、潘季驯的传记，以及他同张居正的通信。

潘季驯另有《总理河漕奏疏》（14卷）、《潘司空奏疏》、《河防榷》、《刑部奏疏》（2卷，任刑部尚书时的所有奏疏）及《留余堂集》（诗歌及纯文学作品）等作品。

潘季驯逝世后归葬故里，墓在升山三墩村。俗称“潘尚书坟”，又名“潘公坟”。泰昌元年（1620年），明光宗下诏命人重修墓。墓坐东朝西，南圆形墓冢与内外两道太师椅式墓圈拱卫而成。东南西北各设石祭台，正面墓道两侧立有石翁仲、石兽。四周松柏、翠竹相掩。墓在“文革”中被炸毁，石翁石兽被推入河中，墓道部分石板用于修小桥、机埠。现仅存双孔墓穴，宽约3米、长约5米。现每年清明节与农历九月二十六日，海内外潘氏后裔及学者前往祭奠。

陈潘二公祠，是明代两位治水名臣陈瑄、潘季驯的合祀祠，位于江苏省淮安市清江文庙内。该祠始建于明正统六年（1441年），原名恭襄祠。清乾隆二十二年（1757年），在祠中加祀潘季驯，于是改名为陈潘二公祠。原位于清浦区清江光华化学厂内，后年久失修。1987年，被原淮阴市（现属淮安市）人民政府公布为第一批市级文物保护单位。1997年，因所在地域被淮阴卷烟厂征用，另行择址迁移保护。2007年，在清江文庙慈云寺历史文化风貌区内复建，兼作大运河名人馆。

潘季驯在削职回乡期间，见湖州北门苕、霅两溪汇合处水势湍急、交通不便，遂捐银2500两，发起建桥，从选择桥址到施工均亲自过问。从万历十三年（1585年）破土动工，历时五年竣工，命名为“潘公桥”。该桥结构坚固，工艺精湛，风格古朴，气势雄伟，为湖州市内著名古迹。

潘季驯故居、潘氏祠堂、潘氏藏书楼遗址，在浙江省杭州市三墩镇北外溪（原名汇沮，属环清乡，在三墩村滨河水泥路往北约1公里湖织公路侧），故居宅第尚在。

2019年12月6日，潘季驯被中华人民共和国水利部公布为第一批“历史治水名人”之一。

《明实录》嘉靖、隆庆、万历朝部分

《明史》卷223《潘季驯传》